Ich selbst bin auch eine große Verfechterin von Freigang - wo er möglich ist.
Aber das ist er leider nicht überall und wenn man zur Miete wohnt, gibt es auch in freigängertauglichen Gegenden Vermieter*innen, die Freigang nicht genehmigen, weil das immer wieder zu Problemen mit Nachbarn führt.
Dass ihr die Möglichkeit hattet, umzuziehen und euren Katzen jetzt uneingeschränkten Freigang gewähren könnt, freut mich für euch alle sehr.
Allerdings denke ich dass es zu den Problemen gar nicht erst hätte kommen müssen, wenn ihr euch vor Anschaffung der Katzen richtig informiert hättet.
So seriös können die Züchter nicht sein, wenn sie die Katzen schon mit 11 Wochen abgeben. Das unterste Mindesalter sind 12 Wochen, besser noch sind 14.
Und dass man Bengalkatzen problemlos in reiner Wohnungshaltung haben kann - ne, jeder, der sich mit der Rasse etwas beschäftigt, weiss, dass das eben meist nicht möglich ist, zumindest nicht auf nur 100 qm.
Dazu kommt das meiner Meinung nach "Hauptproblem" : Ihr habt Kater und Kätzin.
Im Kittenalter ist das meist noch kein Problem, aber ab Pubertät entwickeln sich fast immer unterschiedliche Verhaltensweisen, gerade was das Spielen anbelangt.
Daher ist es immer sinnvoller, ein gleichgeschlechtliches Duo zu wählen.
Der Kater hat die Katze nicht wegen des fehlenden Freigangs "gemobbt", vor allem wenn es ja jetzt, wie du schreibst, trotz Freigang nicht harmonisch ist:
und ab und zu ärgert der Kater auch die Katze weiterhin. Aber sie ärgert zurück, ist mutiger und selbstbewusster geworden
Sie können sich jetzt einfach besser aus dem Weg gehen 
Ein harmonisches Miteinander von Katzen sieht für mich anders aus.